慢性结肠炎是一种发病率较高的疾病，针对这种疾病，可以选择抗炎镇痛药或者双歧杆菌乳杆菌三联活菌片等药物进行治疗，也可以选择元胡止痛片或者阿托品进行治疗，所以慢性结肠炎患者，应该要根据自己的病情选择药物，并且要注意药物的服用量，但是要注意这些药物是不能长期服用的，服用期间要注意饮食清淡。
1.抗炎镇痛药
细菌感染，除了使用有效的抗生素外，还可以选用小檗碱、元胡止痛片或者阿托品，如果有发烧，脱水或休克，使用抗生素，必要时，去医院输血或吸氧。
2.双歧杆菌乳杆菌三联活菌片
溃疡性结肠炎、腹泻及便秘反复发作者可口服双歧杆菌乳杆菌三联活菌片，双歧杆菌乳杆菌三联活菌片含有肠道益生菌活力组合，通过修复肠道生物屏障，调节肠道免疫功能，抑制肠道致病菌生长，促进肠道生理功能恢复正常，有效缓解慢性肠道炎症的症状，如腹痛，腹胀，腹音，粪便不成形。
3.中药
中药有杀灭细菌，毒素，清除肠道，恢复活力的功效，还能增强身体免疫力。
4.水杨酸类
柳氮磺胺吡啶和5-氨基水杨酸(5-ASA)适用于慢性期和轻、中度活动期病人。一般认为SASP不能预防结肠炎复发。对不能耐受SASP或过敏者可改用5-ASA。对直肠和乙状、降结肠病变可采用SASP或5-ASA制剂灌肠，经肛门用药。严重肝、肾疾患、婴幼儿、出血性体质以及对水杨酸制剂过敏者不宜应用SASP及5-ASA制剂。
5.肾上腺皮质激素
常用于中、重症或暴发型患者，对不能耐受口服者，可静滴氢化可的松或甲基强的松龙或ACTH，14天后改口服泼尼松维持。通常在急性发作控制后尽快停用，也可采用隔日口服泼尼松或合用SASP或s-ASa作为维持治疗。对直、乙结、降结肠病变可采用药物保留灌肠，如氢化可的松唬珀酸盐、0.5%普鲁卡因，加生理盐水，缓慢直肠滴入，也可与SASP,s-ASA或锡类散等药物合并使用，妊娠期也可应用。
