射精疼小便疼可能的原因有：
1.尿道炎，男性尿道分为三部分，其中尿道前列腺部在男性前列腺内穿行和射精管共用前列腺实质中的通道，所以尿路感染的情况下会出现射精痛，因为尿道感染也会伴有尿道刺激症，从而出现尿频、尿急和尿痛，严重的情况下可能出现镜下血尿；
2.泌尿系统结石，特别是输尿管结石卡钳在输尿管狭窄部位，或者尿道结石卡钳在尿道狭窄口处，容易引起平滑肌痉挛性疼痛，此时也会伴有小便疼痛和射精疼痛症状；
3.生殖系统炎症，如前列腺炎、附睾炎或者精囊炎，会出现射精痛或小便疼的表现，甚至有些患者还会合并精液带血的症状，精液中除精子之外，还含有前列腺液、精囊液的成分，如果前列腺或者精囊感染，细菌随着精液排出体外，可能会刺激尿道，导致小便刺痛或者烧灼感。
