新生儿肝炎所致风疹或巨细胞病毒有可能发展为一种脑感染，可能导致智力迟钝或脑瘫。
这些婴儿当中的许多也将因为肝病破坏引起永久性的肝细胞损伤，导致疤痕(肝硬化)。
多数婴儿巨细胞病毒性肝炎将会痊愈，很少或者根本没有疤痕。对肝脏来说，随着胆汁流动的改善，它的成长也会逐渐正常。然而，大约20%的婴儿因为受到肝炎的影响，将继续以发展为慢性(进行性)肝病和肝硬化。这些儿童的肝脏将会因为疤痕而变硬，而且六个月以下大的婴儿的黄疸会不消退，最终符合这些症状的婴儿将需要进行肝脏移植。
小儿慢性肝炎新生儿由于缺乏胆汁将无法消化脂肪，吸收脂溶性维生素(A，D和E及K)，并且伴有肝细胞损伤。缺乏维生素D会导致骨质疏松与软骨发育不良(佝偻病)。缺乏维生素A会影响正常生长和视力。维生素K缺乏会有易青紫及出血倾向，而缺乏维生素E会导致婴儿协调性变差。由于胆汁负责消除在体内的许多毒素，所以新生儿慢性肝炎也有可能导致血液中积聚毒素，从而导致瘙痒，皮疹和过敏。
亦可并发肝昏迷、高胆红素血症、低钙性抽搐、出血、腹泻、干眼病等疾病。
