生殖器疱疹的并发症主要有以下几种：
1、直肠炎：生殖器或肛门疱疹感染，可以通过逆行性感染进入肠道组织，导致直肠内膜发炎，尤其常发生于男性与男性性行为中。
2、中枢神经系统并发症：包括疱疹性脑膜炎、自主神经功能障碍、横断性脊髓炎和骶神经根病。疱疹性脑膜炎表现为发热、头痛、呕吐、怕光。症状通常出现在生殖器皮损发生后3~12日，经过2~4日发展后症状最明显，此后2~3日症状逐渐减轻。免疫功能正常的患者疱疹性脑膜炎预后较好，脑炎的症状和体征少见，神经系统后遗症极少发生。自主神经功能障碍表现为会阴部、腰背部和骶尾部感觉过敏或麻木、尿潴留和便秘，多数患者的症状在4~8周内逐渐缓解。横断性脊髓炎少数患者可发生，表现为深部腱反射减退，四肢肌力下降。骶神经根病亦较少发生，表现为骶尾部胀痛、不适或麻木感。
3、播散性HSV感染：少数原发性HSV感染者的躯干和四肢可出现广泛分布的播散性水疱，播散性皮肤感染常发生在疱疹出现的早期，并常引起疱疹性脑膜炎、肝炎、肺炎或关节炎，少数患者可出现血小板减少症和肌红蛋白尿。特应性皮炎患者、免疫缺陷者在怀孕期间播散性HSV感染的可能性较大。
4、生殖器外皮损：通常出现在生殖器皮损出现后的第2周，女性患者更易发生，是一种常见并发症，最常见于臀部、腹股沟等处。
