一、发病原因：
1..栓子栓塞（50%）：
肠系膜上动脉栓塞的栓子主要来源于心脏，如心肌梗死后的壁栓，亚急性细菌性心内膜炎的瓣膜赘生物，风湿性心脏瓣膜病变处的赘生物和左右心耳附壁血栓的脱落等；亦可来源于大动脉粥样硬化的附壁血栓或粥样斑块的脱落和脓肿或脓毒血症的细菌的栓子等。
2..解剖因素（25%）：
肠系膜动脉栓塞的发生亦与肠系膜上动脉的解剖结构有关，肠系膜上动脉从腹主动脉呈锐角分出，与主动脉走行平行，管腔较粗，与腹主动脉血流的方向一致，脱落的栓子易于进入，在血管狭窄处或分叉处导致血管栓塞，多见于结肠中动脉发出部或其以下的部位。
二、发病机制：
肠系膜血管一旦栓塞，受阻塞的动脉供应区的肠管发生血运障碍，肠管缺血，缺氧使肠管失去光泽，颜色苍白，肠黏膜不易耐受缺血，若缺血时间超过15min，小肠黏膜绒毛结构就会发生破坏脱落，继而肠壁血液淤滞，充血，水肿，肠管失去张力，出现发绀水肿，大量血浆渗至肠壁，肠壁呈现出血性坏死，大量血浆渗出至腹腔及肠腔内，循环血容量锐减，肠腔内细菌大量繁殖及由于肠管缺血缺氧后发生坏死的毒性代谢产物不断被吸收，导致低血容量，中毒性休克，肠坏死时，肠管扩张，蠕动消失，表现血运性肠梗阻。
肠系膜动脉栓塞的部位不同，肠管缺血区域的范围亦不同，栓塞发生在肠系膜上动脉入口处，可引起Treitz韧带以下全部小肠和右半结肠的缺血坏死;在结肠中动脉分支以下发生栓塞，引起大部分小肠坏死;发生在肠曲的一个分支动脉而侧支循环良好时，则不发生坏死;但边缘动脉栓塞发生梗死，其所供应区域肠管发生坏死
