目前为止，结肠息肉的病因不清。有些可能与长期炎症刺激或遗传相关。
结肠息肉的发生与许多因素有关：
1、长期腹泻，很多病人肠道黏膜容易过敏，例如饮酒、吃辣椒或油腻食物或海鲜后出现腹泻，有些病人会无原因的出现腹泻，这样，肠道黏膜会出现慢性炎症，易导致肠道息肉生长。
2、长期便秘，便秘的病人经常是几天排便一次，粪便长期在肠道内储存会产生各种毒素，导致肠黏膜出现慢性炎症，易生长息肉。
3、遗传，例如家族性息肉病就是一种遗传疾病。
4、炎症性疾病，如溃疡性结肠炎、克隆恩病等疾病易出现息肉。
结肠息肉的发生可能与以下因素有关，具体介绍如下：
生活习惯（20%）：
食物中含纤维多息肉的发生就少，反之就多，吸烟也与腺瘤性息肉的密切关系，吸烟史在20年以内者多发生小的腺瘤，而吸烟史在20年以上者多伴发大的腺瘤。
遗传（20%）：
某些多发性息肉的发生与遗传有关，患者由其父母生殖细胞内遗传得到有缺陷的抑癌基因APC等位基因，而结肠上皮内的另一个APC等位基因在出生时是正常的，以后当此等位基因发生突变时，则在突变部位发生腺瘤，这种突变称为体细胞突变(somatic mutation)。
感染（10%）：
有报道认为腺瘤性息肉的发生与病毒感染有关。
年龄（10%）：
结肠息肉的发病率随年龄的增大而增高。
胚胎异常（5%）：
幼年性息肉病多为错构瘤，可能与胚胎发育异常有关。
