一、其他原因的甲亢
如垂体性甲亢，自身免疫性甲状腺炎，亚急性甲状腺炎，异原性TSH甲亢等，均可通过相应的特别检查加以鉴别。
1.淋巴细胞性甲状腺炎(桥本病)
在病程早期可呈现甲亢症状，但多数是一过性的，经随访可区别，检测TGAb和TMAb有助于与Graves病鉴别，但无法区别两者同时并存的患儿。当甲状腺可触及结节或血清T3值极度增高时，应进行甲状腺B超和(或)核素扫描检查，以正确诊断结节性甲状腺肿和鉴别癌肿;对甲状腺轻度肿大和甲亢症状轻微的患儿应考虑亚急性甲状腺炎(病毒感染所致)的可能性，必要时可以考虑核素扫描检查和细针穿刺细胞学检查。
2.新生儿甲亢
较少见，大多属暂时性，常见于患有甲亢或甲状腺功能减低的孕妇，其血中存在甲状腺受体刺激免疫球蛋白或长效甲状腺刺激物(LATS)，通过胎盘递送给婴儿，极少数是由于TSH受体基因激活性突变引起。多数新生儿甲亢在出生时即有症状，表现为突眼、甲状腺肿大、烦躁、多动、心动过速、呼吸急促，严重可出现心力衰竭，血T3、T4升高，TSH下降。这些症状经6～12周后，随体内甲状腺刺激免疫球蛋白水平下降而缓解。
3.单纯性甲状腺肿
多发生在青春期，心率正常，大便次数正常，血FT3、FT4、T3、T4正常。必要时可做超敏TSH检查或TRH兴奋试验。
二、其他原因造成之突眼
如先天性头面不对称、眼局部感染、球后出血等。单侧突眼须与眼眶内肿瘤(绿色瘤、黄色瘤、神经母细胞瘤等)鉴别。
三、其他
1.神经官能症
精神神经症候群与甲亢相似，但无甲亢的高代谢症群，食欲不亢进，双手平举呈粗震颤，入睡后脉率正常无甲状腺肿和眼征，甲状腺功能检查正常。
2.甲状腺肿性克汀病
为家族性酶缺陷所致散发性克汀病，有遗传家族史，伴甲低表现：纳呆、便秘、呆滞、发育迟缓、BMR低，血T4减低，TSH增高等。
3.肌病
应与重症肌无力、周期性麻痹相鉴别。前者皮下注射新斯的明0.02～0.04mg/(kg×次)，看肌力恢复与否;后者有低血钾及相应心电图改变，两者T4均正常。
4.糖尿病
甲亢病人有时血糖可稍增高，一般在7.7mmol/L(140mg/dl)以下，故偶可尿糖阳性。然而有3.3%甲亢可合并有糖尿病，应注意之。
5.甲状腺功能正常的高T3高T4血症
临床并无甲亢但是血T4及T3增高，由于结合异常(TBG过多、家族性缺乏白蛋白的高甲状腺素血症，伴随前白蛋白的高甲状腺素血症，伴随自身抗体的高甲状腺素血症)、周身型甲状腺激素不应症、药物影响(心得安、乙胺碘呋酮、造影剂、甲状腺片)及原因不明等。
6. 消瘦、低热须与结核、癌症等鉴别
;腹泻须与慢性结肠炎等鉴别;心律失常须与风心病、心肌炎及冠心病等鉴别。
