不孕症的鉴别诊断主要是病因之间的鉴别，具体如下：
1、卵巢性不孕
是女性不孕中常见的原因之一，临床上多伴随月经紊乱、不排卵或黄体功能不全等病症。
2、外阴阴道性不孕
先天性无阴道、阴道横隔，或阴道损伤后形成的癫痕粘连性狭窄，以及处女膜无孔或过厚坚韧等，都可能对不孕有影响。
3、宫颈性不孕
宫颈减液(CM)中所含的葡萄糖及其营养物质，对穿越宫颈时的精子的生存和活动力有很大影响。精子和宫颈或液相互影响，是精子生存及发挥功能的重要关键性环节因宫颈因素而致不孕者，占不孕总数的5%～10%。
4、子宫性不孕
单纯性子宫性不孕少见，临床上可见于子宫位置异常如过度后倾后屈、前屈，子宫发育不良或畸形，或是子宫内膜损伤、子宫腔粘连等，这些均可能影响胚胎着床和发育造成不孕。
5、输卵管性不孕
输卵管因素是女性不孕的最常见原因，主要的病变是病原微生物感染后引起的输卵管炎。
6、染色体异常性不孕
染色体异常可引起性腺发育异常或生殖道异常如肾上腺性腺综合征与先天性卵巢发育不全症(Turner综合征)等。
7、免疫性不孕
在不育夫妇中免疫性不孕占5%～7%。包括抗精子及抗透明带两种免疫性不孕。
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