1.急性肾盂肾炎 也表现发热、尿频、尿急等膀胱刺激症状，伴脓尿、腰痛。但无阴道滴虫感染史，且起病急，症状明显。尿培养有致病菌株，涂片染色法找不到毛滴虫。
2.肾结核 也表现为反复的尿频、尿急、尿痛和脓尿，伴有低热。但肾结核病人常同时有肺结核病史。无浆液性或脓性阴道分泌物。涂片染色法找不到毛滴虫，且尿沉渣涂片抗酸染色可发现抗酸杆菌。
3.淋菌性尿道炎 起病早期亦有尿道口痒、红肿、刺痛，且伴尿频、尿急、尿痛等症状。尿道内有稀薄的黏液性分泌物。但本病尿痛明显，尿道分泌物量多，并可逐渐演变为脓性分泌物。一般有不洁性交史，尿道分泌物或尿液中找不到滴虫，但可查到淋病双球菌。
4.慢性细菌性前列腺炎 表现为尿频、尿急、尿终末疼痛，下腹部、会阴部、睾丸胀痛，与滴虫病前列腺精囊炎症状相似。但病人无不洁性交史，无尿道分泌物或偶伴尿道滴白;直肠指检示前列腺质较硬，伴轻压痛。尿常规检查一般无脓、白细胞，前列腺液常规检查找不到滴虫。依此可加以鉴别。
5.急性膀胱炎 也表现为尿频、尿急等膀胱刺激症状。但起病急，症状明显;阴道或尿道少有分泌物，尿及分泌物涂片染色法找不到毛滴虫。
6.膀胱结核 也表现为反复的尿频、尿急、尿痛和脓尿。但病人常同时有肾或肺结核病史;但无浆液性或脓性阴道分泌物。涂片染色法找不到毛滴虫，且尿沉渣涂片抗酸染色可发现抗酸杆菌。
