本病主要需与颌骨肿瘤进行鉴别，鉴别的手段主要依靠影象学的方法：
1、X线平片
颌骨囊肿在X线平片上表现为圆形或卵圆形密度减低区，边界清楚，边缘光滑锐利，其内可以是单房或多房。随着囊液积聚，囊肿具有一定的膨胀性，可引起临近牙移位，少数可见牙吸收。周围骨质吸收，囊腔壁为致密白线(骨皮质线)。
颌骨良性肿瘤在X线片上表现为低密度病变，其内可见骨性间隔或纤维间隔，表现为“肥皂泡样”或“火焰状”改变。有时在低密度内可见点状或斑点状钙化，呈混合密度。少数在病变区内可见牙齿硬组织密度的影像表现，与正常的骨组织之间有清晰的低密度包膜相间隔。病变侵入周围软组织内可使骨皮质连续性中断。良性非牙源性颌骨肿瘤与身体其他部部位骨肿瘤表现相同。颌骨原发的恶性肿瘤十分少见，其边界不清呈不规则形或虫咬状。其密度可以是低密度如原发性颌骨内癌、骨髓瘤；也可以是混合性密度如骨肉瘤和软骨肉瘤。病灶内常见肿瘤组织的钙化，骨皮质中断。年轻的恶性骨肿瘤患者可见日光放射状的骨膜反应。
2、计算机X线体层摄影(computed tomography,CT)
CT平扫时，囊肿为圆形或卵圆形，边缘光滑。囊肿的密度与囊内容物有关，一般有两种情况：多数表现为低密度，少数为等或高密度。前者与囊肿内容物是液态脂类物质和胆固醇有关，后者与囊内容物是角化物、出血和钙化有关。增强CT上，囊壁可有轻度强化，囊液无增强。其内可见残留的牙根或牙齿，可见间隔，骨皮质连续性可有中断，周围软组织内可见膨胀。
颌骨良性肿瘤在CT上多表现为边界清楚的低密度病灶，常伴有颊舌侧骨板的膨胀性中断。此外，在多房性病变，可见骨性间隔。颌骨恶性肿瘤在CT上多表现为肿瘤钙化、皮质骨破坏以及软组织和骨髓内侵犯。目前，CT已成为检查颌面部病变的常用的方法之一。CT可以准确判断颌面部肿瘤的大小、位置和侵犯临近组织的程度。研究表明，当病灶穿破骨皮质侵入邻近软组织时，CT对于颌骨囊肿和肿瘤的诊断更有意义。
3、磁共振(Magnetic Resonance Image,MRI)
口腔颌面部MRI检查具有以下的特点：
(1)对人体没有放射性危害
(2)软组织分辨率优于CT；
(3)没有射线硬化的伪影；
(4)不需静脉注入对比剂即可鉴别血管和软组织；
(5)能多平面成像；
(6)可以获得三维图像。
MRI能显示颌骨囊肿和肿瘤侵犯周围软组织的情况，T2WI图像可以准确地反映肿瘤和正常软组织的边界。MRI在显示骨髓改变方面优于CT，有研究表明，在颌骨囊肿和肿瘤侵及骨髓时，MRI上的表现和组织病理检查的结果非常符合。在T2加权像上，正常骨皮质的低信号为肿瘤的高信号所取代，表明肿瘤侵犯骨皮质。颌骨囊肿和肿瘤内不完全的骨化间隔、粘膜结节可以在MRI上得到显示。MRI在检查下颌骨的病灶方面之所以优于CT，主要体现在可同时评价骨皮质和骨髓质的受累情况。
