皮肤炭疽须与痈、蜂窝织炎、恙虫病的焦痂、兔热病的溃疡等相鉴别。
痈：痈(carbunculus)是由多个相邻的急性深毛囊炎和毛囊周围炎相互融合所形成的皮肤深层脓肿病，为多数毛囊性脓头及多房性脓肿，好发于皮下组织致密部位，常伴有全身中毒症状。中年以上好发，以老年者居多。
蜂窝织炎：蜂窝织炎(Phlegmon Cellulitis)是皮下组织的化脓性感染。初起时为境界不明显的弥漫浸润性斑块，以后发炎的症状迅速扩展和加重，局部红、肿、热、痛，有显著的指压性水肿，有压痛。皮疹中央部分先是肿硬的斑块，以后软化形成脓肿，溃破后排出脓液及坏死组织。急性病人都有高烧、寒战、头痛、全身不适等。
恙虫病的焦痂：主要传染源是啮齿类，传播媒介为恙螨幼虫。其临床特点为急性起病、发热、皮疹、淋巴结肿大、肝脾肿大和被恙螨幼虫叮咬处出现焦痂(eschar)等。本病流行于华南一带，称之为“沙虱热”。本病无传染性，其典型特征为焦痂和溃疡。人被受恙虫病立克次体感染的恙螨幼虫叮咬后，病原体先在局部繁殖，随后出现红色丘疹，不痛不痒，继成水疱，然后发生坏死和出血，随后结成黑色痂皮，称为焦痂。其边缘突起，周围有红晕，呈圆形或椭圆形，大小不等，直径可为2～15mm，多为4～10mm。 痂皮脱落后即成溃疡，溃疡呈圆形或椭圆形，周边整齐而稍隆起，基底洁净，为淡红色肉芽组织，起初常有血清样渗出液，随后逐渐减少，形成一个光洁的凹陷面，偶有继发性化脓现象。
兔热病的溃疡：兔热病又称土拉菌病(Tularaemia)、鹿蝇热，是一种由扁虱或苍蝇传播的啮齿动物的自然疫源性急性传染病。临床表现主要有发热，淋巴结肿大，皮肤溃疡，眼结膜充血、溃疡，呼吸道和消化道炎症及毒血症等。土拉菌可以被用作生物战中的致病病菌，感染者会出现高烧、浑身疼痛、腺体肿大和咽食困难等症状。在感染后的24-48小时后，手指，手臂，眼或口腔顶部等可出现炎性丘疹，此症状腺型和伤寒型土拉菌病例外。丘疹很快变为脓疱和溃疡，溃疡底呈凹陷状，干净，含有稀薄无色的渗出物。在肢体部的溃疡通常是单个的，而口腔和眼部的溃疡常是多发性的。
