1.直接镜检 取耵聍、痰、角膜溃疡处分泌物、脓液等，作直接涂片检查，可见到分隔菌丝及圆形、暗绿色孢子(直径2～3µm)或菊花样曲霉结构。用乳酸酚棉蓝染色则比较清楚，其分生孢子柄不着色。
2.病理组织活检 抽取病变组织的脓液做活检可见曲霉菌丝及孢子。
3.真菌培养 将血和上述标本接种于沙堡琼脂，在室温至45℃能很快生长。典型的曲霉菌落呈绿色至暗绿色，镜下可见较粗分生孢子柄，顶端膨大，有小柄上产生分生孢子。根据菌落形态及镜检可以进一步识别不同菌种。
4.影像学检查 胸部X线片常见肺的中下部有散在的片状、结节状或圆形或卵圆形阴影。亦可形成空洞，有时呈不规则分布的细小颗粒状结节阴影;鼻窦曲霉球X线示放射密度增加。CT、磁共振检查可发现脑部占位性病变。
5.血象检查 嗜酸粒细胞常增多，沉淀素试验呈阳性。
6.皮肤试验 烟曲霉抗原皮肤试验有助于变应性曲霉病的诊断。
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