潜伏期2～28天，一般7～12天。因受染者免疫水平以及受染菌株的不同，临床表现复杂多样。
1.早期(感染毒血症期) 发病后3天以内，主要表现为突然寒战、发热，体温可达39℃，多呈弛张热型，可伴有头痛，无力，结膜充血或出血，腓肠肌痛及压痛可在第1天出现，淋巴结肿大第2天出现，以腹股沟及腋窝部为多。
2.器官损伤期 病后3～10天，根据症状分为不同的临床类型。
(1)流感伤寒型：为早期症状的继续，无明显或严重器官损害及功能不全。
(2)黄疸出血型：即外耳病(Weil’s disease)，国内较少见。
(3)脑膜脑炎型：发病数天即出现脑膜刺激症，重者可抽搐、昏迷、脑疝、呼吸衰竭以及各种神经损害症。
(4)肺出血型：在早期感染中毒症候群的基础上，出现咯血，但无明显肺部啰音和呼吸功能障碍者，称肺出血普通型。如有感染中毒败血症反应的同时，出现进行性呼吸困难，缺氧和窒息，迅速发展的啰音以及X线表现双肺弥漫性出血阴影，称为肺弥漫性出血型。此型发展快，病情进展分3期。
①先兆期：患者面色苍白，烦躁逐渐加重，呼吸、心率进行性增快，肺部有散在的、逐渐增多的干、湿啰音，可有血痰或咯血。
②出血期：如先兆期内未及时治疗，短期内面色极度苍白，唇发绀，烦躁。呼吸心率显著加快。第一心音减弱或出现奔马律，双肺布满湿啰音，多数有不同程度的咯血。
③垂危期：如病情未能控制，可在短期内(1～3天)病情迅速加剧，表现极度烦躁不安，神志模糊，甚至昏迷。喉有痰鸣，极度发绀，大口鲜血从口、鼻涌出(呈泡沫状)，可发生窒息，心率减慢，呼吸不规则甚至停止。上述演变过程短则数小时，长则12～24h。该病的发病机制可能由于机体对病原体及其有毒物质的超敏反应的结果。其理由：A.发病迅速、凶猛，恢复亦迅速。肺部病灶消失快，未见血管破裂，大出血是经过充血、淤血和溢血3个过程;B.激素治疗有特效;C.凝血功能正常，未见DIC表现。
3.后期 起病7～14天后，大部分病人很快恢复;部分病例经早期感染中毒症状后，无中期明显器官损害，即进入后期，表现为后期的并发症。
本病临床表现复杂，因而早期诊断较为困难，易误诊、漏诊。应结合流行病学特点。早期的临床症状和病原学和血清学检查综合判断，并与其他疾病鉴别。
