大多数医生认为，口腔溃疡与以下因素有关：
1、消化系统疾病及功能紊乱：如腹胀、腹泻或便秘等情况。
2、内分泌变化：有些女性患者往往在月经期发生，可能与体内雌激素量下降有关。有些女性每逢经期或行经前后就会出现口腔溃疡，用药治疗只能暂时缓解，下月行经时依然如故地出现，疼痛难忍，与此同时，还常伴有口干、心烦、易怒和大便干结等令人烦恼的症状。临床研究发现，月经期出现口腔溃疡主要是由于体内黄体酮水平增高而雌激素(孕酮等)的水平降低所致。
3、精神因素：有的患者在精神紧张、情绪波动、睡眠状况不佳的情况下发病，可能与植物神经功能失调有关。
4、遗传因素：如父母双方均患有复发性口腔溃疡时，其子女约有80— 90%患病，若双亲之一患此病时，其子女约有50—60%患病。
5、病毒的感染：口腔溃疡一般多发于春秋季节交换的时候，一般免疫力低下的人由于季节的变化，而体内的环境不能及时调整，发生免疫低下，病毒此时就会乘虚而入，造成溃疡。
6、其他因素：如缺乏微量元素锌、铁、叶酸、维生素B12、营养不良等，可降低免疫功能，增加复发性口腔溃疡发病的可能性。
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