引起肛门痛疼的疾病可根据其引起痛疼的原因不同分为两类。
(1)肛门痛疼与排便有关者:
患者于排便时感觉有烧灼样痛，排便后又出现周期性的剧烈痛疼，常常持续十分钟至数小时，这种情况多数是由肛裂引起的。
患者有内痔脱垂的历史，痛疼多由排便后内痔不能回缩，引起局部水肿及持续性痛疼，这种情况多数是绞窄性内痔。
患者感觉排便时肛门某一侧针刺样痛疼，排便后数分钟，痛疼会自然消失者，多属肛隐窝炎。
排便时突然发生痛疼，肛门边皮一侧出现紫黑色圆形肿块，水肿严重者肿块发亮，并伴有持续性痛疼，应考虑是血栓性外痔。
(2)肛门痛疼与排便无关者：
肛门周围不明原因出现红肿，并伴有发热等全身症状，肛门周围及肛管内胀疼、跳疼，并不断加重，有时肛门周围还可触到肿块者，有的还有下坠感，多半是肛门周围感染引起的症状。
如有长期持续、不断加重的肛门痛疼，并伴有下坠感和大便次数增多，偶而可摸到肛门内不规则的硬块，应怀疑肛管癌的发生。
还有少数肛门痛疼是由异物引起，有人误食鸡骨、鱼刺、带壳的瓜子，嵌顿于肛管，会出现肛门部突然痛疼，大便时痛疼加重。也有个别情况异物是由肛门推入。
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