诊断依据：根据当地流行情况，有无百日咳患者接触史。若患儿曾有发热，但热退后咳嗽症状反而加重，特别在晚间咳嗽剧烈，且无明显肺部阳性体征，应作为疑似诊断。若有明显痉咳，外周血计数白细胞及淋巴细胞分类均明显增高则根据这些特点可作出百日咳临床诊断。加之细菌培养阳性或血清学免疫学、PCR检查阳性可以确诊百日咳。
痉挛性咳嗽的鉴别诊断：
1、发作性咳嗽：发作性指间断发生，不存在持续状态，发作性咳嗽是一种发作形式的描述，没有病因，所以没有任何意义，发作性咳嗽其实大多数是过敏性咳嗽。
2、持续性咳嗽：咳嗽是呼吸系统中最常见的症状之一，是人体的一种保护性措施，对机体是有益的,当呼吸道粘膜受到异物、炎症、分泌物或过敏性因素等刺激时，即反射性地引起咳嗽，有助于排除自外界侵入呼吸道的异物或分泌物、消除呼吸道刺激因子。持续性咳嗽是肺部疾病的前兆。这种咳嗽一旦开始就要两三个月才能痊愈，而且任何止咳药似乎都对它无能为力。
3、变应性咳嗽：变应性咳嗽(AC)作为一种独立的疾病尚未得到公认.对它的界定目前还只是处于描述性的阶段,缺乏大量系统性的研究观察.主要指临床上某些慢性咳嗽患者,具有一些特应性的因素,抗组胺药物及糖皮质激素治疗有效,但不能诊断为哮喘、变应性鼻炎或嗜酸粒细胞性支气管炎(EB)暂不宜归纳为其他疾病。,将此类咳嗽定义为AC.其与变应性咽喉炎、EB、感冒后咳嗽等的关系及异同有待进一步探讨，以明确是否为独立的疾病实体。
1.控制传染源 在流行季节，凡确诊的患者应立即隔离至病后40天，或隔离至痉咳后30天。对接触者应密切观察至少3周，若有前驱症状应及早抗生素治疗。
2.切断传播途径 由于百日咳杆菌对外界抵抗力较弱，无需消毒处理，但应保持室内通风，衣物在阳光下曝晒，对痰液及口鼻分泌物则应进行消毒处理。
3.提高人群免疫力 目前已用于预防接种的百日咳菌苗有全细胞菌苗和无细胞菌苗，全细胞菌苗为常规菌苗;即百日咳、白喉、破伤风(DTP)制剂，用量每0.5ml内含百日咳4个保护单位。3～6个月婴儿进行基础免疫，皮下0.5，1.0，1.0ml，共3次，每次间隔4周。流行期时1个月婴儿即可接受疫苗，1～2岁时再加强肌内注射。DTP菌苗亦有人提倡正常婴儿和儿童2月龄进行第1次，4月龄第2次，6月龄第3次，15个月第4次，4～6岁第5次。由于年长儿或成人免疫力降低仍可感染百日咳，7岁以后每10年进行1次。该菌苗对出生时有外伤史、过敏史、家族中有精神神经病史、本人有惊厥史、进行性神经系统疾病及存在急性感染时禁忌接种百日咳菌苗。一般接种后在局部注射处有疼痛，轻度或中等度发热等症状，极少者在接种后数日至数周后出现惊厥等脑部症状。国内外近年来一直在研制百日咳新菌苗，现已报道无细胞菌苗含有淋巴细胞增多促进因子(LPF)与丝状血凝素(FHA)中单一种抗原成分或全部，其效力似乎与DTP制剂相当，已在日本、瑞士进行了现场试验，认为该疫苗安全、有效，但须深入系列研究证实。除此外，意大利研制出新型DNA重组百日咳菌苗，目前正进行Ⅱ期试验，认为可能为百日咳提供安全、有效菌苗。我国于1985年后对无细胞百日咳菌苗进行了系统试验，已获得有效的百日咳菌苗制剂。
4.药物预防 对婴幼儿及体弱小儿，未经预防接种而与百日咳患者密切接触者，可选用百日咳免疫球蛋白2.5ml肌内注射，或恢复期血清10～20ml肌内注射，5～7天重复注射1次，连续3次，可使其暂不发病。近来证实红霉素对百日咳接触者进行预防可降低百日咳的感染率，剂量30～50mg/kg体重，分4次口服，连服5～7天，有助于控制百日咳传播。亦有人选用复方磺胺甲噁唑，半岁内婴儿可选用该药乳剂5ml(含TMP40mg，SMZ200mg)，2次/d，连续7～10天。
