阜阳市第二人民医院始建于1972年，前身为阜阳行署传染病医院，1997年在全国专科医院中首家按照综合医院标准通过二级甲等综合医院评审。2011年初在全省首家通过三级甲等传染病专科医院评审，正式成为以“强专科、大综合”为特色的三级甲等医院。同时，也是安徽医科大学阜阳临床学院，蚌埠医学院教学医院，多项诊疗技术居阜阳市领先水平，是皖西北地区医疗、预防、教学、研究中心之一，医疗服务范围辐射周边省、市地区。年门急诊总量达40余万人次，住院病人达4万余人次。
全院占地面积6.07万平方米， 建筑面积为8.79万平方米， 是阜阳市规模较大的医院之一，拥有固定资产3.6亿元，在职职工1293 人，其中高中级专业技术人员650人，编制床位 1000 张，实际开放床位1200 张。传染病部分 设有感染一科、感染二科、感染三科、感染病 ICU 、应急病区、结核病科、肝病一科、肝病二科、肝病三科;内科部分 设有呼吸内科、肾病科、血液净化科、心血管内科、神经内科、内分泌科、消化内科、血液内科、肿瘤内科、干部病房(心血管二科);外科部分 设有普外科、胸心外科、神经外科、泌尿外科、泌尿男科、血管外科、骨科、妇科、产科、皮肤科;其它临床学科设有儿科、急诊科、重症医学科、耳鼻喉科、口腔科、眼科、高压氧科、麻醉科、手术室; 医技科室 设有 CT 室、磁共振室、放射科、介入诊疗科、超声科、功能检查科、检验科、 PCR 实验室、病理科、系列内镜检查科等 50 个学科，以及中西医结合肝病研究所和健康体检中心。其中 呼吸内科、肝病科为安徽省“十二五”临床医学重点培育专科，肾脏病科为阜阳市临床医学重点学科，血液净化科、骨科、胸心外科、感染科和结核科为阜阳市特色学科。
拥有日本东芝 64 排螺旋 CT、荷兰飞利浦 1.5T HP 磁共振、 美国 GE 1000mA LCE+ 型数字减影血管造影机(大 C 臂)、美国 GE 数字 X 线摄影(DR )、美国柯达 CR ，德国西门子直线加速器、日本岛津 800mAX 光机、飞利浦IU-22 型和HD-11型彩超、彩色多普勒数字化超声，日本全自动生化分析仪，日本希施美康血液分析仪，美国雅培I2000型全自动免疫发光分析仪，法国梅里埃细菌培养鉴定仪，爱尔兰NPB-840 型、 Servo-s型 、 Servo-I型 等系列呼吸机，德国费森尤斯 4008B 型、德国贝朗 Dialong+ 型、瑞典金宝 AK95S 型和日装机DBB-27型系列血液透析机，德国费森尤斯 4008S 型、床边CRRT、金宝 AK200超滤 型和日装机DBB-7型血液透析滤过机， 欧林巴斯系列纤维支气管镜、电子胃镜、结肠镜，瑞士 EMS 气压弹道碎石机，德国狼牌腹腔镜、胸腔镜、胆道镜、宫腔镜、前列腺电切，高压氧舱、德国贝朗 CRRT 人工肝支持系统等一系列高新医疗设备。
近年来，该院坚持以病人为中心，以质量为核心，以科技为先导，近年曾获部、省、市级科技成果奖 76 项，能够开展多种专科专病治疗和疑难手术。多次成功有效应对非典、人禽流感、手足口病、甲型 H1N1 流感等突发公共卫生事件重症病人救治工作， 为保障群众的健康及生命安全作出了突出贡献。2003 年院党委被中央组织部授予“全国非典防治先进基层党组织”，医院被国家人事部、卫生部联合授予“全国非典防治先进单位”;2006 年和 2007 年连年分别荣立阜阳市人民政府人禽流感救治工作和 5·4 氨中毒救治工作集体二等功;2006 年 5 月被省卫生厅表彰为“安徽省人禽流感救治工作先进单位”;2006 年底被评为阜阳市诚信医院;2007年 6 月、 2009 年 5 月和 2011 年 8 月，连续三次被评为阜阳市第五届、第六届、第七届文明单位; 2011 年 10 月，被省委、省政府评为第九届安徽省文明单位;2008 年 3 月被省卫生厅评为全省卫生系统先进集体，10 月被省政府评为安徽省手足口病防治工作先进集体; 2011 年 9 月，被市政府评为阜阳市先进集体; 2012 年6 月，被中国医院协会表彰为第四届全国医院(卫生)文化建设先进单位; 2014年 4 月被表彰为安徽省劳动竞赛先进集体。并多次被阜阳市委、市政府命名为全市卫生工作先进单位、科技工作先进单位，阜城窗口行业“十佳单位”、“价格诚信建设示范单位”、“行风建设先进单位”和“十佳党委”等光荣称号。
