哈尔滨市中医医院始建于1957年，经过59年的艰苦创业，现已发展成为集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的三级甲等医院和全国示范中医医院，同时还被黑龙江中医药大学确定为第三临床医学院。黑龙江省肛肠学会、哈尔滨市肛肠学会和哈尔滨市中医传统手法按摩学会等机构也设置在我院。
目前，医院占地面积2.1万平方米，建筑面积3.3万平方米，业务用房面积2.7万平方米。院内建有门诊楼、医技楼、13层住院楼、9层重点专科楼、制剂楼，院外领办1个爱建社区卫生服务中心。编制床位760张，年门诊量27.4万人次，年收治病人1.5万多人次，床位使用率101%。设临床科室16个，医技科室11个，临床分科32个，专家专病门诊39个。在岗职工610人，聘用合同制人员229人，其中卫生技术人员679人，具备正高级职称资格97人，副高级职称130人;国家级名医1人、黑龙江省名中医6人，哈尔滨市名中医14人，哈尔滨市德艺双馨名医1人，博士8人，硕士110人。拥有固定资产1.67亿元，主要包括核磁共振成像系统、彩色多普勒超声诊断仪、GE16排CT、全自动生化仪、经颅多普勒、心频、腹腔镜、肛肠疾病检查仪、肠动力测定仪等。
医院突出发挥中医特色优势，实行“大专科、小综合”的发展战略。2010年，建筑面积5550平方米的全国重点专科楼竣工并投入使用，标志着哈尔滨市中医医院走在了国家重点专科的行列，医院发展迈入了一个新的历史阶段。现医院具有国家临床重点专科1个：肛肠科;国家中医药管理局重点专科4个：肛肠科、脑病科、肾病科、心血管科;小儿斜颈科被确定为国家中医药管理局小儿斜颈协作组组长单位，完善了国家“小儿斜颈病”临床路径及诊疗方案，并荣获“全国小儿推拿行业2012年度标兵单位”、“2013年度全国推拿技术行业奖”荣誉称号;开辟独立的治疗区域，成立了“俄罗斯小儿脑瘫治疗康复中心”，标志着我省首家俄罗斯脑瘫患儿门诊治疗中心在我院正式开诊。
肛肠科治疗中心现有6个病区，设床位323张，其科系规模和技术力量在全国处于领先地位;中医脑病科现有3个病区和1个康复科，设床位168张。中医脑病科采用中西医结合药物、手术、针灸、体疗等治疗方法，在治疗脑出血、脑梗塞、老年痴呆症等方面积累了丰富经验;心血管病房以中医为主、中西医结合抢救治疗冠心病、心肌炎、心力衰竭、高血压及内科疑难病症有独到专长;小儿斜颈科通过辨证施治,运用独创的“按、揉、牵”三法，在治疗小儿肌性斜颈方面达到了国内同行业的领先水平;小儿脑瘫治疗康复中心突破了传统四肢按摩法，按照人体脑组织区域的分布，形成了一套独特的中医推拿功能训练体系，大大提高了脑瘫患儿的生存质量;心血管科以中医为主、中西医结合抢救治疗冠心病、心肌炎、心力衰竭、高血压及内科疑难病症有独到专长;肺系病房采用冬病夏治、内病外治的独到治疗方法，治疗慢支、肺气肿、肺心病以及各类喘症疗效显著;中医骨伤科、儿科、妇科、外科、按摩科、针灸科、皮肤科为院级重点专科，在治疗上各具特色;此外医院在中药制剂方面继承和开发秘、验药方，研制成丸、散、膏、丹、冲剂、口服液、胶囊等达60多个品种。
2012年医院领办的爱建社区卫生服务中心正式落成对百姓服务。中心建筑面积2000平方米，编制床位30张，设有500平方米的康复病区、360平方米的计划免疫门诊、150平方米的口腔治疗中心，成立了中医妇科、中医康复科、中医儿科等诊室，开展推拿按摩、拔罐、刮痧、针灸等中医诊疗项目。爱建社区卫生服务中心充分发挥中医“治未病”优势，努力践行“大病进医院、小病在社区、康复在社区”的服务宗旨，开展了多场中医保健讲座活动，普及中医理论和知识，惠及辖区数千居民。2013年中心被哈尔滨市卫计委授予“三星级社区卫生服务中心”，被市科协、市医学会确定为哈尔滨市“健康科普大讲堂”首家示范基地。
近年医院服务水平不断提高，2015年医院护理满意度为100%，综合满意度为99%，出院患者回访总满意度为98.6%。社会美誉度也逐年提升，医院曾先后获得“全国医院文化建设先进单位”、“国家**无烟中医医院”、“ 少儿中医预防保健事业突出贡献奖”、“ 第二届全国中医护理先进集体”、“ 第二届全国中医特色护理**科室”、“省文明单位标兵”、 “省第十届劳动模范集体”、“省卫生系统医院文化建设先进单位”、“省中医工作先进单位”、“省卫生系统行业作风建设先进单位”、“省服务信誉满意单位”、“黑龙江省维权诚信**单位”、“省青年文明号”“市第28届劳模单位”等多项荣誉称号。院药剂科被评为2006年度《感动哈尔滨》先进集体等殊荣，2010年医院被确立为全国“治未病”预防保健服务试点单位、全国中医药传染病防治临床基地。
