福建省肿瘤医院于1979年筹建，1984年收治病人，1986年正式挂牌开院；福建省肿瘤防治办公室挂靠医院；1997年被国家卫生部评为三级甲等肿瘤医院；2001年成立福建省肿瘤研究所，与医院合署办公。2013年被列为肿瘤科国家临床重点专科建设单位，2016年成为福建医科大学附属肿瘤医院，2017年被确认为福建省高水平癌症医学中心建设单位。2020年被列为争创国家癌症区域医疗中心建设单位。
医院作为承担福建肿瘤防治与研究的重要平台，形成肿瘤领域的技术高地、学科高地、人才高地和服务高地，在肿瘤防控和综合诊疗方面形成特色优势，在全省及周边地区的肿瘤防治工作中发挥着龙头作用。目前已形成集国家临床重点专科、国家药物临床试验机构、福建省肿瘤转化医学重点实验室、福建省肿瘤生物治疗重点实验室、福建省肿瘤精准医疗产业技术创新研究院、福建省肿瘤精准诊断与免疫治疗工程研究中心、福建省肿瘤放射与免疫治疗临床医学研究中心和福建省肝胆胰肿瘤临床医学研究中心为一体的肿瘤医教研防高地。
医院编制床位1600张，年收治肿瘤病人8万余人次，设有37个临床科室、28个病区、11个医技科室和14个肿瘤相关专业研究室。现有职工2185人，专业技术人员1963人，其中正高职称103人，副高职称249人，研究生导师53人。百千万人才工程国家级人选1人，国家卫生健康有突出贡献中青年专家1人，国务院特殊津贴专家8人，省劳动模范1人，省优秀人才2人，省“双百计划”人选4人，省卫生健康有突出贡献中青年专家4人。担任国家级学会、协会及其专科分会名誉主任委员1名、副主任委员21名、常委23名。
医院拥有完善的肿瘤综合治疗技术体系，形成了以肿瘤外科、肿瘤放疗、肿瘤内科、中西医结合、新型免疫治疗、射频消融、介入治疗和热疗等为特色的肿瘤多学科规范化综合治疗优势，能为病人提供规范的个体化诊疗方案。2018年医院入选首批全国消化肿瘤MDT培训示范中心，被国家卫健委确定为首批肿瘤多学科诊疗试点医院。医院综合实力和影响力在国内省级肿瘤专科医院中名列前茅，2019年国家卫健委考核评比位列全国三级肿瘤专科医院第8名，等级为A；中国医学科学院中国医院科技量值（STEM）肿瘤学专科排行榜，排名全国第8位。鼻咽癌、肝癌、肺癌、消化道肿瘤、妇科肿瘤、淋巴瘤等高发肿瘤的综合治疗居于省内领先、国内先进水平，放射治疗、胸部肿瘤、腹部肿瘤、肿瘤病理等专业成为特色专业。福建省肿瘤放射治疗质量控制中心、福建省肿瘤化学治疗质量控制中心、福建省肿瘤免疫治疗质量控制中心、福建省抗癌协会、福建省医学会肿瘤学分会、福建省医学会放射肿瘤学分会、福建省医学会妇科肿瘤学分会、福建省核学会均挂靠在医院。
医院积极打造肿瘤领域的研究技术体系，形成以转化医学、精准医学、交叉科学为特色的创新平台；以问题和需求为导向，形成临床诊疗和科技创新相互促进的发展态势。近5年获省科技进步奖一等奖2项、二等奖1项、三等奖3项。
医院牵头协调全省肿瘤防控工作，构建全省肿瘤防控三级网络，承担国家重大公共卫生项目，实施全省恶性肿瘤发病、死亡监测任务，建立健全癌症监测体系，摸清全省恶性肿瘤发病与死亡，目前已在15个县建立12个登记处，占全省户籍人口的20.2%。承担肿瘤筛查及早诊早治项目，被国家癌症中心授予“省级管理先进单位”。2014年起，每年出版《福建省肿瘤登记年报》。
医院坚持党建引领保障，深化文明创建，秉持“团结严谨敬业奉献”的院训，形成精神文明与业务工作交汇融合、双向提升的良好局面，连续蝉联四届全国文明单位，先后获得中国百佳最具影响力肿瘤医疗机构、全国医院医保管理先进单位、全国模范职工之家、全国科教文卫体系统先进工会组织、全国公共机构能效领跑者、全国节约型公共机构示范单位、人文医院文化建设典型、福建省卫生健康系统先进集体等荣誉称号；先后获得南丁格尔奖、全国卫生系统先进工作者、全国优秀科技工作者、全国医德标兵、全国创先争优先进女职工、全国优秀工会工作者等国家级荣誉近40人次。
新时代新阶段，医院坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，秉持人民至上、生命至上的理念，贯彻新发展理念，构建新发展格局，以稳中求进为工作总基调，以推动高质量发展为主题，以提升医疗服务能力为主线，以改革创新为动力，全方位加快国家癌症区域医疗中心建设，全面构建环境优美、技术优良、人文优聚的“三优”医院，让高品质的健康服务惠及千家万户。
