鄂尔多斯市第二人民医院始建于1990年。是鄂尔多斯市人民政府主办的集医疗、科研、教学、预防、保健、康复于一体的传染病专科医院，是北京佑安医院、北京地坛医院协作医院；佑安医疗联盟、地坛感染病联盟、北京结核病诊疗技术创新联盟医院；全国肝胆病防治示范基地；全国人工肝及血液净化技术示范中心。肝病学科、分子生物学科为鄂尔多斯市领先学科，结核病学科为鄂尔多斯市重点学科。
医院空港部占地5.3万平方米，一期建筑面积４.７万平方米、投资５亿元，其中医疗设备投资1.6亿元，设置住院病床300张，开设肝病科、综合内科、外科、妇产科、急诊科、介入科、麻醉科、口腔科、眼科、耳鼻喉科、体检科等临床科室和检验、超声、放射、气管镜、胃肠镜、药剂、消毒供应等辅助科室。医院东胜部占地7万平方米、建筑面积1.3万平方米，设置住院病床120张，收治结核病等传染性疾病，为全市突发及重点监测传染病定点收治单位。
医院配有西门子3.0T磁共振、GE64排CT、血管造影X射线机、高档心脏彩色多普勒超声诊断系统、腹腔镜、胸腔镜、宫腔镜等先进诊疗设备100多台，其中100万元以上设备30台。现有职工433人，专业技术人员309人，其中高级职称者50人；中华传染病医院管理学会理事2人；中国医师学会感染病分会委员1人；全国疑难及重症肝病攻关组全国委员1人；中华医学会全国肝衰竭与人工肝专家委员会委员1人；内蒙古自治区医学会感染病及肝病分会副主任委员1人、常务委员2人；内蒙古感染病质量控制中心副主任委员1人、常务委员2人；
鄂尔多斯市第二人民医院以“大专科、小综合”的发展战略，致力于打造“内蒙古自治区肝病医学中心”，为区域内肝病患者提供专业的医疗服务；同时为鄂尔多斯市及周边地区提供综合医疗保障。
