1915年(民国4年),其前身为吴县公立医院,为地方士绅作为慈善事业而兴办。当时一式平房,设备简陋。北伐战争起,曾一度停办。日伪时期,改为铁道医院,增建楼一座。
苏州解放军一零零规模渐大。抗日战争胜利后,医院所有设备,被苏州铁路局运到常州戚墅堰。其时,国民党江苏省卫生厅长陈万里(苏州人),利用第二次世界大战后美国在远东的战争剩余物资装备医院,并通过在美国善后救济总署工作的蒋曾瑞,获得一批医疗物资,在铁道医院原址筹建吴县公立医院。
苏州解放后,由市军管会派朱介琴(女,共产党员)、杨格两人到院接管,交苏南行署卫生处领导,改名为苏州市公医院。
1950年春,交苏南军区卫生处领导,改为苏南军区医院。
1953年春,苏南、苏北合并,成立江苏军区,改为江苏省军区中心医院,院长姜斯培,政委孙洪春。新建病房接受500余名志愿军伤员。另辟齐门外洋泾塘(现干休一所)为分院。
1956年,由军委统编为一○○医院。
1969年,整编为驻军医院。
1997年4月,由江苏省军区转隶至南京军区联勤第十三分部。
2009年6月,妇产科、骨科、男科大民营企业家加入共建辉煌。