医院始创于1948年，前身为中国红十字会青浦分会医院，2002年1月冠名为复旦大学附属中山医院青浦分院、上海市青浦区中心医院。1995年被世界卫生组织（WHO）认定为爱婴医院，1998年起连续七届被评为上海市文明单位，2003年被指定为青浦区台胞台商定点医院。2008年，在新一轮上海市区域卫生规划项目中被纳入郊区三级医院建设单位之一，2012年底圆满完成了三级医院等级评审工作。
医院总占地面积10.48万㎡，建筑面积11.5万㎡，二期扩建工程于2013年内启用，届时开放床位将由现在的735张提升至1030张。医院现有职工1331人，其中卫技人员1124名，卫技高级职称83人，医、护中级职称438人，博士及硕士学历研究生116名。2012年，医院门急诊量突破135万人次，年出院病人2.8万人次，手术10930台。
医院拥有先进的医疗设备，包括磁共振成像系统、血管造影X射线系统（DSA）、64排全身X射线计算机断层扫描系统、16排多层螺旋CT机、超声气压弹道碎石机、数字化彩色多普勒超声诊断仪、高清电子腹腔镜系统、手术内窥镜系统（腹腔镜.胸腔镜.前列腺汽化电切镜）、电子支气管内窥镜系统、中央监护系统、全自动微生物鉴定及药敏分析系统、全自动化学发光仪、全自动生化分析仪、尿动力学检查系统、麻醉系统、中型10/4高压氧舱等设备。
医院开设有27个临床科室、7个医技科室和20个病区。临床科室设有心内科、呼吸内科、肾内科、神经内科、内分泌科、血液科、消化内科、神经外科、普外科、胸外科、骨科、泌尿外科、妇科、产科、儿科、急诊ICU科、麻醉科、中医科、耳鼻咽喉科、肿瘤科、眼科、口腔科、皮肤科、康复科和感染疾病科等；临床科室配置产科胎儿监护室、血透室、手术室、急救室和特需病房等；医技科室设有放射科（普放、CT室、MRI室）、药剂科、检验科、超声诊断科、高压氧舱综合科等。目前，医院拥有创伤骨科、急诊科和产科3个上海市医学重点学科，微创外科、泌尿外科、呼吸内科和放射科等8个青浦区领先（重点）专科。
近年来，医院在科教研建设上进步显著，科研水平得到了大力提升。其中在研市科委课题2项，市科委白玉兰科技人才基金1项，省部级课题1项。市卫生局课题17项，区在研课题80余项，荣获区科技进步奖12项，授权实用新型专利9项。2012年度共发表论文190篇，其中核心期刊66篇，SCI论文3篇。医院现已成为复旦大学上海医学院、蚌埠医学院、南通大学医学院教学医院，20余位高级职称医师被聘为兼职教授。医院为上海市全科医师规范化培训基地，复旦大学上海医学院五年制临床专业实习基地，上海市急诊专业护士实训基地，青浦区全科医师临床技能培训实习基地，神经内科、普外科、泌尿外科、骨科、急诊科成为市级住院医师规范化培训教学基地。
