肺真菌病需要与以下几种疾病相鉴别：
1. 细菌性肺炎：细菌性肺炎的临床表现和肺真菌病非常相似，易于混淆。经过规范的抗生素治疗后病情没有改善时，应考虑肺真菌感染的可能。
2. 其他病原体如病毒、支原体、衣原体、军团菌等所致的肺炎：有时也类似肺真菌感染，须注意鉴别。及时进行病原学检查有助于早期诊断。
3. 肺结核：慢性坏死性肺曲霉病患者可有低热、盗汗、消瘦等症状，病情迁延，病灶内形成空洞，与肺结核相似。鉴别主要依靠病原学检查。
4. 非感染性肺部疾病：隐源性机化性肺炎也常有“晕轮征与反晕轮征”，可类似于侵袭性肺曲霉感染。心源性肺水肿时可出现两肺弥漫性磨玻璃影，类似于肺孢子菌肺炎。需要结合患者的基础疾病、免疫状态、临床表现、实验室检查和病原学检查综合判断。
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