首先需与功能性精神病鉴别，有报道急性病毒性脑炎所致精神障碍误诊为功能性精神病者约占23%，而以精神症状为首发者其门诊误诊率高达77%。
1.疾病早期 由于言语运动兴奋，如兴奋躁动、伤人毁物、吵闹不安、自语、自笑，且有性兴奋色彩，易误诊为青春型精神分裂症。但记忆力、理解力、计算力和判断力下降，反映出脑器质性损害。由于言语运动性抑制，如少食不食、少语少动，呈木僵或亚木僵状态，易误诊为紧张型精神分裂症或反应性精神病，但可出现大小便失禁、多汗和意识障碍，且神经系统体征亦出现较早。有感知觉和思维障碍，如幻视、幻听、视物变形、牵连观念、猜疑，易误诊为精神分裂症妄想型，但有轻度的意识障碍。有一定的精神因素，表现失眠、胸闷、气憋易误诊为癔症，但精神因素解除以后，症状并无好转，故可与癔症区别。
2.在疾病中期 主要为不同程度的意识障碍，意识障碍出现的同时可有发热，这较易与功能性精神病相鉴别。意识障碍先有兴奋躁动，逐渐进入嗜睡、浅昏迷、昏迷或谵妄状态。意识障碍出现的同时，常开始出现发热，应与其他感染性精神病及其他脑器质性疾病相鉴别。
3.急性感染中毒性脑病可急性或亚急性地出现精神症状。但均有明显的躯体感染，在体格检查和细菌免疫学检查中，能发现感染的各种阳性所见，意识障碍以谵妄状态更为多见，精神症状往往出现在感染之后，而且常随躯体病的变化而改变。
有脑膜刺激症状时，应与各类脑膜炎相鉴别，如化脓性、结核性。化脓性、结核性脑膜炎的脑脊液有明显的特异性改变，可在脑脊液中查到相应的细菌或结核杆菌。
原发性病毒性脑炎的感染症状，发热及脑脊液的异常，相对地比脱髓鞘脑炎时多见，皮质类固醇的治疗效果较好及视觉诱发电位变化，可作为脱髓鞘脑炎的诊断参考。病毒分离、血清及脑脊液的免疫抗体、病理检查，更有利于确诊。
4.与颅内占位性病变的鉴别 头颅CT检查可以发现局限性密度增高的阴影。
