应注意与急性阑尾炎、胆道蛔虫症、急性胰腺炎、肝脓肿及急性传染性肝炎加以鉴别。急性胆囊炎、胆管炎伴发腹膜炎时，应与其他原因引起的腹膜炎如阑尾炎、胰腺炎及消化道穿孔(如伤寒肠穿孔)等鉴别。除一般病史、体征及X线检查外，超声波可测知胆囊大小及囊壁是否粗糙增厚，腹腔穿刺检查也有助于诊断。
1.急性阑尾炎 小儿的盲肠位置相对较高，部分阑尾伸向右上腹部。高位阑尾炎时，可表现右上腹压痛、肌紧张。易与急性胆囊炎相混淆。除临床表现外，超声检查有助于鉴别。
2.胆道蛔虫症 常有吐虫或便虫史，表现为阵发性右上腹剧痛，腹部体征轻微。且在疼痛缓解期，病儿无任何不适感。胆囊炎表现为持续性腹痛，并有高热、黄疸等表现。
3.急性胰腺炎 小儿急性胰腺炎少见。部分病儿有外伤或肠蛔虫症史。临床表现上腹或上腹部偏左持续性疼痛，亦有高热、恶心、呕吐。胰腺区域有明显压痛。白细胞可高达20×109/L以上。血、尿淀粉酶含量增高为鉴别诊断的重要依据。
4.肝脓肿 有高热、肝区疼痛、右上腹痛性包块、肝脏肿大及明显触痛等征象。超声波可探及肝内液平段;X线检查示膈肌升高和活动受限，部分病例可出现右肺或右胸膜腔炎。
5.急性传染性肝炎 病毒性肝炎有肝炎接触史。病儿腹部闷胀、食欲不振、乏力、低热。巩膜黄染，右季肋下可触及肿大的肝脏，并有轻度触痛，肝功能异常。腹部平坦柔软，无反跳痛。白细胞计数可不增高且有肝功能异常。
