本病溃疡的早期阶段应和单纯性或绿脓杆菌性角膜炎鉴别。溃疡发展至严重阶段，常易与绿脓杆菌性或真菌性角膜溃疡混淆，鉴别点见表。
表：几种细菌性角膜溃疡的鉴别诊断
溃疡名称
单纯性角膜溃疡
绿脓杆菌性角膜溃疡
匐行性角膜溃疡
真菌性角膜溃疡
起病
较慢，不易扩大
急，发展快
较急，发展较快
亚急，发展较慢
诱因
常无
挑异物，稻谷伤
小外伤、慢性泪囊炎
稻谷伤，植物枝叶擦伤
潜伏期
不明确
半天至一天
1～2天
2～4天0
分泌物
无
脓性，大量
脓性，较少
水样或粘液脓性，量少
症状
轻
严重
重
轻重不一
溃
疡
情
况
色泽
灰白
早期灰黄色，较大溃疡黄白色
大多灰黄色，严重时黄白色
早期白色或灰白色，严重时大多黄白色
形态
小圆，约1～2毫米直径
早期环形，严重时圆形
不规则圆形
早期不规则形，严重时大多不规则圆形
密度
轻度浸润及水肿
早期中央较透明，严重时浸润密度均匀
溃疡中央部浸润常较浓密
浸润密度浓淡不一致
表面
平或稍隆起
中央稍隆起，表面有光泽粘性
中央稍隆起，表面有光泽
表面大多隆起，有干燥感
前房积脓
无
大多有，黄白色
大多有，淡黄色
常有，粘稠
结膜囊细菌培养
不生长或有毒力较弱细菌生长
可有绿脓杆菌生长
可有葡萄球菌或链球菌生长
不生长或偶有杂菌生长
分泌物涂片
一般阴性
常可找到革兰氏阴性杆菌
常可找到革兰氏阳性球菌
一般阴性
刮片找真菌
找不到
找不到
找不到
可找到真菌丝
真菌培养
不生长
不生长
不生长
可有真菌生长
治疗
低浓度抗生素
抗生素有效
抗生素有效
抗真菌药物有效
