躯体感染伴发的精神障碍总的鉴别诊断根据是：
1.与其他疾病时的谵妄状态相鉴别 感染性的谵妄状态应与其他原因引起的谵妄状态相鉴别，如各种中毒性谵妄、震颤谵妄、癔症性意识障碍等。鉴别时注意病史、临床相及躯体病征。
2.与伴有幻觉妄想的精神分裂症相鉴别 感染性幻觉症，当出现与其相应的妄想时，应与以感染为诱因的精神分裂症相鉴别，前者多少具有一定程度的意识障碍及虚弱状态，幻觉妄想内容较少离奇荒谬，当感染消除后精神症状也逐渐消失。精神分裂症时，于感染消除后，精神分裂症的临床特点反而显露出来。
3.与神经官能症的鉴别 感染的初期，病人可出现疲乏无力，头痛头晕，睡眠障碍，情绪不稳等，应与神经官能症相鉴别。
4.针对各种不同原发感染疾病的鉴别诊断依据 如：
(1)流行性出血热所致精神障碍鉴别诊断：
①谵妄状态的鉴别：感染性的谵妄状态应与其他原因引起的谵妄状态相鉴别，如各种中毒性谵妄、震颤谵妄、癔症性意识障碍等。鉴别时注意病史、临床相及躯体病症。
②幻觉症的鉴别感染性幻觉症当出现与其相应的妄想时，应与以感染为诱因的精神分裂症相鉴别，前者多少具有一定程度的意识障碍及虚弱状态，幻觉妄想内容较少离奇荒谬，当感染消除后精神症状也逐渐消失，精神分裂症在感染消除后，精神分裂症的临床表现反而暴露出来。
③衰弱状态的鉴别感染初期，病人可出现疲乏无力、头痛头昏、睡眠障碍、情绪不稳等，应与神经官能症鉴别。
(2)伤寒、副伤寒伴发的精神障碍鉴别诊断：
①谵妄状态的鉴别：感染性的谵妄状态应与其他原因引起的谵妄状态相鉴别，如各种中毒性谵妄、震颤谵妄、癔症性意识障碍等。鉴别时注意病史、临床相及躯体病症。
②幻觉症的鉴别感染性幻觉症当出现与其相应的妄想时，应与以感染为诱因的精神分裂症相鉴别，前者多少具有一定程度的意识障碍及虚弱状态，幻觉妄想内容较少离奇荒谬，当感染消除后精神症状也逐渐消失，精神分裂症在感染消除后，精神分裂症的临床表现反而暴露出来。
③衰弱状态的鉴别感染初期，病人可出现疲乏无力、头痛头昏、睡眠障碍、情绪不稳等，应与神经官能症鉴别。
(3)HIV鉴别诊断：
①与其他感染性疾病相鉴别：如结核、系统性红斑狼疮、结缔组织病、血液病的某些症状相鉴别。
②与能引起淋巴结肿大的疾病相鉴别：如霍奇金病、卡波济肉瘤、淋巴瘤等。
③与其他皮肤病相鉴别：如皮肤病、黏膜紫癜，血友病的皮肤改变相鉴别。
④与梅毒、淋病相鉴别。
⑤与使用免疫抑制剂或其他引起免疫抑制的疾病相鉴别。
⑥如产生焦虑、抑郁、痴呆等精神症状需与抑郁症、阿尔茨海默病、多发梗死性痴呆、麻痹性痴呆等相鉴别。
