患巧克力囊腫的患者可以用雌孕激素類藥物治療，如果囊腫比較大，需要及時行腹腔鏡手術，如果有必要可以做全子宮根治性切除術。此外，患者可以通過中醫辨證治療，也可以通過桃紅四物湯等進行調理，同時配合穴位鍼灸治療。
一、西醫治療：巧克力囊腫症狀較輕時，可採用西醫保守治療，特別是使用性激素類藥物，即所謂“假孕”。根據雌性孕激素藥物如黃體酮膠囊、孕酮片等，按劑量按時服用雌孕激素製劑，以促進巧克力囊腫的消除。
二、手術治療：一旦發現巧克力囊腫體積較大，應及時做手術。卵巢囊腫剝離術或腹腔鏡手術是目前臨牀上推薦的治療方法。若囊腫有可能發生病變，也要做全子宮及附件切除手術，以便能夠儘可能清除病變。但是對有生育需求的患者，要謹慎選擇根治性手術。
三、中醫治療巧克力囊腫的方法
1、內服藥方：
（1）氣血瘀阻型中醫能有效調理巧克力囊腫，假如屬於氣血瘀阻型，治療的原則就是活血化瘀、理氣止痛。服用琥珀散或桃紅四物湯一類方劑，可用水煎服。
（2）腎陽不足型腎陽虛常會導致巧克力囊腫的發生，患者應選擇具有補腎養腎、助陽益氣作用的中藥方劑進行調理。可用菟絲子、紫石英、菟絲子、五靈脂及山楂等中草藥進行治療。
2、鍼灸：
可以配合中醫穴位鍼灸治療巧克力囊腫，可以在氣海穴、關元穴、三陰交穴、陰陵泉穴、足三里穴等多個穴位進行鍼灸治療。通常體質比較好的可以用電針治療，如果是虛汗體質，可以用針上灸艾粒進行治療。
